重庆直辖市按照国家“思想领先、平稳过渡”的总体要求，以战略眼光推行行政管理体制调整和创新。
重庆直辖市进行了三次调整行政区域，第一次调整1997年12月，万州、涪陵、黔江三地区进行调整；第二次调整2000年7月，对全市行政区划整体进行了调整；第三次调整2001年撤销12个区、县的区公所。
一、“省直管县”大大提高了行政管理效能通过调整，撤销了地市级中间管理层次，形成了市-区、县-乡镇三个行政层级或市-区（下设街道办事处）两个行政层级，直辖市对所有区、县直接管理，区、县对乡镇直接管理，形成了新的行政管理体制，行政层级呈扁平状态，提高了行政管理效率。
重庆直辖市直接管理40个区、县。
2001年到2006年，乡镇总数由1499个减少为969个，减少35%。
街道总数由88个增加为112个，村总数由20569个减为9979个，居委会总数由2652个减为1985个。
合并乡镇和村居，减轻了农民和市民负担，节约了大量行政开支，降低了行政管理成本，提高了行政管理效率。
直辖市直接管理区、县的新型行政管理体制，减少了市（地级市）这个中间管理层次，区、县管辖面积增大、管理人口数量增多。
我国其他省、直辖市，下设有地区、市（地级市）、自治州政府机构，并且县、区、自治县、县级市的数目超出重庆直辖市的县级行政机构的数目。
重庆市只设置40个县级单位，平均每个县级单位人口数量为77.3万，高于同类省、直辖市的县级单位所管辖的人口数量，大大减少了行政机构数量和行政人员的编制，全市行政编制12.3万名，比全国各省平均数少了三分之一，降低了全市行政管理成本，提高了全市行政管理效能。
二、微观层面的“区县放权”重庆直辖市政府采取的区、县放权是指重庆直辖市政府将部分直辖市管理经济社会的权限下放，授权给区、县行使，以适应区、县经济社会发展的需要，促使区、县经济社会快速发展。
重庆市政府通过采取区、县“放权”，把部分直辖市管理经济社会的权限下放给区、县行使，改变原来倒金字塔形不合理行政权力结构，有利于把重庆市建成“一中心、多组团、城镇群集合的现代大都市”。
2006年12月，将万州、涪陵、黔江、江津、合川、永川等六个区确立为区域性中心城市。
重庆直辖市政府把一些许可审批权、处罚强制权、税费征收权和人事编制权下放给万州、涪陵、黔江、江津、合川、永川等六个区行使。
通过依法界定、依法授予和依法委托三种方式，重庆直辖市政府将原来由市政府或市政府委托各部门行使的一些行政权力交给这六个区政府行使。
下放的权力对于这六个区的发展具有非常重要的意义。
另一方面是优化配置资源，以达到增强万州、涪陵、黔江、江津、合川、永川等六个区带动周边经济社会发展能力的目的。
具体采取了以下措施：一是，优化六区的产业规划布局、城市规划布局、工业规划布局以及其他规划布局，促使六区对原有的规划优化和升级。
二是，加强六区的交通基础设施建设、通信、能源等基础设施建设、市政公用设施建设，六个区与其周边区县形成区域交通网络。
三是，加强对六区的创新能力、产业项目、招商引资、特色工业园的支持力度，积极谋划辐射带动能力强的重大项目落户到这六个区，在更大的市场体系中谋划产业链。
四是，加大对六区的财政、金融支持力度。
五是，强化六区的城市配套基础设施建设，完善六区的区域机构设置、健全六区的金融机构体系、培育各类中介机构，市商业银行在六区内设立分支机构。
重庆直辖市直接管理区、县体制是重庆直辖市推动地方行政管理体制改革上的一项重大创新，是重庆直辖市多年的行政管理实践中，不断探索、长期积累的经验总结。
重庆直辖市直接管理区、县体制已经形成独具特色的重庆模式，这是省管县体制的积极尝试，意义重大，值得借鉴。