《本草纲目》记载：紫檀能够止血、止痛、调节气血。
檀木所散发的香气有益人体心脏、肝脏、肾脏等机能，能有效稳定人体脑波使情绪平衡、安祥、沉静、助益睡眠，更有帮助禅定之效益。
在反复揉搓之后，紫檀会散发出一种叫做“木氧”的物质，这种物质不仅能够起到安神醒脑的作用，而且长期使用还能够促进细胞再造，预防皱纹的出现。
紫檀对肠胃也很好，把紫檀屑做成抱枕的枕芯，对肠胃病有一定的舒缓作用。
根据蒙古族医学典籍的记载说，紫檀还具有消除关节肿痛的功效；白醋与紫檀末混合敷在腿部关节处，能够消除关节肿痛。
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