这个问题问得好啊！为回答这个问题，我也查阅了相关资料，根据资料梳理给大家看看。
C9联盟是我国9所顶尖大学组成的联盟：清华、北京、上海交大、复旦、浙大、南大、哈工大、中科大和西安交大。
“C9”就是“顶尖大学2加5加2模式”的代名词，C是connection连接的意思C9联盟是2009年启动的，背后评选机制已无从了解。
至于武大、华科为何没有进入？据说在C9评选时，因名额有限，只限湖北1所大学参加评选，由于武大和华科旗鼓相当，难以抉择。
当时华中科技大学还没有改名，叫华中理工大学，湖北省为了能有高校冲进C9，希望华中理工大学和武汉大学合并。
但因牵扯利益太多，关系复杂，合并没有成功，受一所指标限制，武大进不了，华科也进不去。
要么都进，要么都不进，所以武大、华科没有进入C9。
看看E9卓越联盟。
2011年，以理工科为特色的9所“985工程”大学组成了“卓越人才培养合作高校联盟”，简称：卓越大学联盟 Excellence 9。
包括：北京理工、重庆大学、大连理工、东南大学、哈工大、华南理工、天大、同济和西北工业。
早在2010年，北京理工、大连理工、东南大学、哈工大、华南理工、天大、同济、西北工业8所高校就签署了卓越人才培养合作协议，当时并没有重庆大学。
重庆大学是后来加入的，简称E9。
卓越联盟计划的发起人是东南大学，作为一所老牌高校，实力毋庸置疑，它的邀请具有决定意义。
武大、华科错过了C9，可为啥又错过了E9呢？所以在E9联盟组建不久，有人就发出疑问，为啥实力出众的武大和华科没有入选？要说错过了C9是因为不小心，可E9怎么又没有呢？难道是东南大学没邀请？这里面的奥秘我不说想必你也晓得的！按说，拿掉一个重大，减少一个跨组的哈工大，让武大进入C9，让华科进入E9岂不两全其美？真的是不知挑头痴，谁解其中味啊！