1、产权证的颁发部门不同大产权房是指从开发商手中购买的已经交纳土地出让金的房产，包括：商品房、公寓、二次交易并且已经交纳土地出让金的已购公房和经济适用房。
由于大产权房允许上市交易，可以取得由不动产登记机关发放的证明房屋所有权归属的书面凭证，购房者可以通过交易，取得房屋的合法所有权，并依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利。
小产权房是指在农民集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村委会颁发，也叫做“乡产权房”。
小产权房产实际上没有真正的产权，这种房没有国家发的土地使用证和预售许可证，购房合同也不会在国土房管局给予备案，所谓产权证也不是真正合法有效的产权证。
2、合法性不同大产权房的房产证受法律保护，房地产开发商拥有《土地使用证》和《预售许可证》，在相关部门备案，国家承认并保护大产权房。
而小产权房的房产证是乡政府或者村政府颁发的，开发商没有取得《土地使用证》，因此小产权房不受法律保护。
3、办理抵押贷款不同大产权房可以进行抵押贷款，最高为房屋评估价格的七成，至于小产权房，在一般的商业银行都是无法抵押的，不过有一些乡镇信用社和小额贷款公司可能会认可小产权房的抵押。
小产权房无法获得商业银行抵押认可的最大问题在于，土地是属于集体所有的，不能上市交易，只能在村集体之内转让。
4、购买方式不同购买大产权房，购房者可以全款购买也可以贷款购买。
因为，贷款买房的可行性较高，购房者可以先交首付，再还贷款。
首付大概是房产全款百分之三十或者百分之二十。
而购买小产权房必须全款，因为国家不承认小产权房的房产证。
因此购买小产权房，银行不予贷款。