随着帝师制度的建立和宣政院的改制，藏传佛教的政治地位逐步加强。
不过，随着时间的推移，一直有功于元朝国家建设的藏传佛教，开始走向了另一极端。
忽必烈与“帝师”八思巴权势过大，中央难以监控自忽必烈之后，元朝的历代皇帝及其家眷，均需受戒皈依为佛家弟子。
《南村辍耕录》卷三“受佛戒”记载：….累朝皇帝先受佛戒九次，方正大宝，而近侍倍位者必九人，或七人，….此国俗然也。
在元朝，法会（元称好事）名目数量繁多，可谓“前无古人，后无来者”。
仅《元史·释老传》具体罗列出名称的“好事”，就超过了三十多种。
藏传佛教中的金刚持皇室如此崇佛，佛教势力很快就渗透到了元朝政治等各领域。
早在八思巴时代，忽必烈就设总制院，尊八思巴为“帝师”，统筹全国释教和蕃地（西藏）事务。
至元二十五年（1288年），尚书右丞相兼总制院使桑哥嫌其地位不尊，以“总制院统西番诸宣慰司军民财粟，事体甚重，品秩宜尊”为由，奏改总制院为宣政院。
宣政院“秩从一品，用三台银印”，其位甚崇。
“院使位居第二者必以僧为之，出帝师辟举，而总其政于内外者，帅臣以下，亦必僧俗并用，而军民通摄。
”铜胎宣政院款龙龟印除了品秩得到提升外，宣政院还与中书省、枢密院、御史台一样，不仅有了独立平行的任官系统，甚至还有单独用兵之权。
拥有中央人事、行政、司法大权的中书省、枢密院和御史台，很难有效插手宣政院大小事务；僧尼事务（释教）和蕃地事务也没有了监察空间，中央势力在一定程度上被分化。
破坏国家法度，社会影响极差宣政院权势显赫，使得本就备受尊崇的僧尼阶层更加猖狂。
少数僧人目无法纪，扰乱社会治安、破坏国家法度的案例时有发生。
八思巴弟子杨琏真迦，在桑哥支持下，盗掘钱塘、绍兴宋陵，令人发指对于这些目无法纪的僧人，宣政院不仅没有予以制止和妥善解决，甚至有“火上浇油”之嫌。
譬如武宗至大二年（1309年），宣政院请“（凡民）欧（殴）西僧者，截其手；詈之者，断其舌”之旨。
尽管成宗、仁宗等曾试图加以拨乱反正，然而收效甚微，最终不了了之。
左：仁宗 右：成宗坦诚说，僧人违法乱纪屡禁不止的根源，在于元朝法律上的不平等。
僧人犯法，按例由宣政院受理，偏颇之处比比皆是：诸僧、道、儒人有争，有司勿问，止令三家所掌会问；诸僧人但犯奸盗诈伪、致伤人命及诸重罪，有司归问，其自相争告，从各寺院住持本管头目归问；若僧俗相争田土，与有司约会，约会不至，有司就便归问。
僧人不但享有特殊的法律地位，甚至可以操纵法律。
譬如帝师或上层高僧们，常常以“好事”为由，请求元朝政府释放重囚（史书称之为“秃鲁麻”）。
不过，这些重囚大多都是有权有势官宦子弟或泼皮无赖。
藏传佛教中的文殊菩萨本该受到法律严惩的重囚们，通过贿赂僧侣阶层，“顺利”逃之夭夭。
据《元史》与《新元史》所载，顺利“大逃亡”的死囚犯，不下数百人。
至于释放这些重囚的理由，更是五花八门：“用帝师奏”者；“皇帝即位用帝师奏”者；皇室人员有疾、祭日或诞辰请释囚者；帝师或皇室修佛事者；为皇室祈福者；某高僧圆寂，也得释囚。
藏传佛教中大白伞盖佛母这种破坏法律、扰乱政纪之事，元朝上下并非毫不知晓，不少大臣上书屡次反对，几乎皆得到皇上采纳，但收效甚微。
皇庆元年（1312年）冬十月，云南行省右丞算只儿威有罪，国师搠思吉斡节儿奏请释之，仁宗皇帝斥之曰：“僧人宜诵佛书，官事岂当与耶！”遗憾的是，皇庆二年秋七月，“以作佛事，释囚徒二十九人。
”可见事态很难得到有效抑制，“释囚”的场景一直屡禁不止。
祸乱朝纲，导致国家衰败元朝皇室崇佛，可谓“国策”之一。
自忽必烈开始，经常举行各种耗资巨大的“好事”活动，动用国库修建各式各样的佛寺，对僧人的赏赐也是毫无节制，刊印佛经所费金银更是有增无减。
以大都为例，史载著名的藏传佛教寺庙，就有大护国仁王寺、大圣寿万安寺、大永安寺（香山）、大承天护圣寺、大崇恩福元寺、大天源延寿寺、寿安山寺、大承华普庆寺、大崇国寺、兴国寺等。
另外，在宫廷内也有佛寺。
护国寺喇嘛塔，1949年被拆除大兴土木修建寺庙的背后，是毫无节制地征调士兵、百姓和工匠，很多人妻离子散、家破人亡，耗费了大量的土地、物资、金银，使得国库愈发空虚，有些甚至直接搜括百姓以资建寺之需！对国家与人民的伤害，是不可逆的。
皇室的“过度”崇佛，让帝王的权威受到了严重的挑战。
深谙儒学的知识分子们，无不为之愤慨。
元朝儒生郑介夫，对帝师至京“朝野倾城相迎”的现状就颇为不满：“往年帝师之死，择取小帝师来代，不过一小庸厮耳，举朝郊迎，望风罗拜。
”畏吾儿大臣廉希宪忽必烈在崇尚佛教后，命笃信儒学的畏吾儿大臣廉希宪受国师佛戒。
廉希宪毫不客气地顶撞道：“臣受孔子戒矣。
”忽必烈又问：“孔子亦有戒耶？”廉希宪回答：“为臣当忠，为子当孝，孔子之戒，如是而已。
”据说忽必烈不仅没有生气，还连连赞许。
荒唐的元顺帝纵观元朝诸帝，“崇佛”最荒唐的，莫过于元顺帝妥欢帖木尔。
元顺帝（1320—1370）扳倒权臣伯颜后，元顺帝“图治之意甚切”。
在丞相脱脱的支持下，恢复科举，颁行《农桑辑要》，实行儒治，整饬吏治，蠲免赋税，开放马禁，削减盐额，编修辽、宋、金三史，国家一度有了“中兴之相”。
不过，罕见的天灾给了他当头棒喝。
黄河决口、饥荒频仍、瘟疫爆发，人民流离失所，大量死亡。
自至正四年（1344年）始，中国进入了灾害多发期，尤以腹里（北京、天津、河北、山西、山东以及河南的黄河以北地区和内蒙的一部分）和河南行省（河南中南部、湖北大部、江苏中北部，安徽中北部）最为严重。
黄河决堤，让元朝几近崩溃天灾引发了一系列后遗症：各地烽烟四起，不少地方的统治机构瘫痪，陷入土崩瓦解的绝境。
时间一长，元顺帝锐意进取的劲头，可谓消失殆尽。
丞相脱脱死后，元顺帝彻底堕落。
他声色犬马，长期不理朝政，沉溺密宗，修炼所谓“男女双修之术”，朝堂成了君臣淫态百出之所。
他专门建造了上都穆清阁，连延数百间，并秘密室于修文殿旁，好事房于鹿顶殿侧，“取妇女实之，以备修习之用”。
他沉迷于“十六天魔舞”无法自拔，还专门为此建造高阁，“飞桥舞台于前，四栏引翼。
每幸阁上，天魔歌舞于室，繁吹导之，自飞桥西升，市人闻之，如在霄汉。
”（疑似）十六天魔舞何谓“十六天魔舞”？史书记载，“天魔舞者，本西番佛曲，法式淫荡”：时帝（元顺帝）怠于政事，荒于游宴，以宫女三圣奴、妙乐奴、文殊奴等一十六人按舞，名为十六天魔。
首垂发数辫，戴象牙佛冠，身被缨络、大红绡金长短裙、金杂袄、云肩、合袖天衣、绶带鞋袜，各执加巴喇般之器，内一人执铃杵奏乐。
又宫女一十一人， 练槌髻，勒帕，常服， 或用唐帽、窄衫。
所奏乐用龙笛、头管、小鼓、筝、蓁、琵琶、笙、胡琴、响板、拍板。
以宦者长安迭不花管领，遇宫中赞佛， 则按舞奏乐。
宫官受秘密戒者得入，余不得预。
尽管朝中大臣百般劝谏，可元顺帝不但不听，反而想方设法躲避，甚至特意挖地道以躲“宰相以旧制为言” 。
至正二十七年（1367） 八月，元顺帝见大势已去，诏命皇太子领天下兵马。
次年闰月，元顺帝携三宫后妃、皇太子、皇太子妃，逃到应昌府（内蒙古自治区赤峰市）。
应昌城遗址同年八月，明军攻陷大都。
至正三十年（明洪武三年，1370）四月，妥懽帖睦尔驾崩于应昌，享年五十一岁，庙号惠宗 ，蒙古汗号为“乌哈噶图汗”，明朝为其上尊号为“顺帝”。
在《蒙古黄金史纲》中，记载了一首元顺帝离京时所作的一首长诗：不过，一些学者认为，这是蒙古史学家的“发挥”总的来说，我们在审视藏传佛教在元朝的历史作用时：不仅要看到元朝的崇佛政策对加强边疆（尤其是藏区）统治，促进民族经济、文化交流的正面影响；也要对这一政策走极端后，为整个社会经济诸方面带来的不可逆转的负面影响。
对于历史事实客观并理性的认识，能够帮助我们在未来少走弯路，少走歧路。