近几年，上海轨道交通可谓是”困难重重“，建设缓慢造成连续几年没有新线路通车，既有线路的问题却很多。
从根本上来看，上海轨道交通遭遇的困难，正是一个发展思路的问题：过分依赖环内换乘大站、环内线路重复度高，外围换乘点少，这其实说明了上海轨道交通尚未形成完备的网络。
一个值得注意问题就是，上海轨道交通系统经常使用”变形地图“，这种变形地区其实掩盖（或者说弱化）了一个严重的问题：4号线环线内的线路重复度很高，而外围的换乘站很少。
下面就是上海轨道交通的一个变形的地图。
上海轨道交通的变形的地图其实淡化了换乘站过分集中在环线4号线以内的情况，因为在这个地图当中，内环线以内的地区得到了放大，而外环线以外的地区得到了缩小，二者的面积差距显得没有那么多。
下面的变形地图是上海轨道交通站点里面常见的，更能说明问题。
从上面地图中可见，上海轨道交通一直在沿用着上海市内环线、中环线、外环线的概念，但是它本身又是将环线采取了变形。
下面又是上海轨道交通系统全网的地图，则是下面的样子。
在上海轨道交通系统全网变形地图中，一些严重的问题得到得到了淡化：上海的道路系统：采用了几环几射的模式，内环线、中环线、外环线是几道环线，实际上外侧还有嘉闵高架等与环线类似的道路。
上海地铁系统：只有一个上海地铁4号线，这是一个比内环线还要小的环线，4号线以内上海地铁的重复度很高。
上海地铁4号线非常小，而上海地铁的换乘站却又大都集中在4号线以内，这就造成了，想要换乘地铁，必须要到4号线以内的尴尬局面。
何况4号线还不是一个自称体系的环线，有很大的区段是与3号线的共线段。
与上海地铁4号线相比，9号线、11号线这些放射线的距离已经非常远。
近五年来，上海轨道交通发展比较缓慢，既有的换乘困难、3节列车的问题也一直苦苦困扰乘客。
究其本质原因，还是上海轨道交通发展思路的问题，前期的小偏差——其实造成了目前比较大的困难。
近一年来，上海轨道交通规划三期的发展有了新迹象，各条新的线路也反映了”增加外围换乘站、完备轨道交通网络“的目标，然而这些线路都需要很多年后才能通车，并且力度有限。
上海轨道交通本身的问题可能会依然长期成为困扰，只能逐步进行缓解。