水冷式中央空调，由蒸发器侧的空调水系统和冷凝器侧的冷却水系统组成，空调水系统又分为仅用于供冷的冷冻水系统，以及冷暖共用管道的冷热水系统。
不同的水系统，由于系统形式分为开式、闭式以及运行水温的不同，在结垢、腐蚀、生物粘泥等问题上的倾向程度不同，因而水处理措施也有所不同。
一、空调水系统空调水系统通常为闭式水系统：对于仅用于单冷的冷冻水系统，主要问题是补水时会带入空气，其中的溶解氧会引起钢制管道和设备的腐蚀。
因此，冷冻水系统的水质处理措施主要是防腐，一般不需要防水垢处理，也不需要对水藻控制而使用药物。
冷冻水系统的防腐措施，通常是向系统中投入腐蚀抑制剂，以缓解腐蚀。
当系统停运时，水系统管路采取满水保养，以防止空气进入及水温升高而加快系统内的腐蚀。
当用户侧空调水为冷热水共用管道时，除防腐外，还要考虑热水结垢的问题，通常的做法是采用软化水装置，使系统的补水为软化水。
二、冷却水系统冷却水一般为开式水系统（采用闭式冷却塔除外），由于是开式喷淋，系统水与室外空气接触，系统中会同时存在结垢、腐蚀、泥渣和水藻问题，相应地水处理也需要包括防垢、防腐、杀菌和防水藻等措施。
冷却水的水处理措施通常包括：1、定期排放以更换系统中的水，提高水质的新鲜度，降低水质的浓缩倍数。
2、防结垢措施，加药以软化冷却水，向水系统中投入表面活性剂药物。
3、防腐措施，加药防腐，向系统中投入腐蚀抑制剂药物。
4、防细菌和水藻繁殖措施，加药处理，向系统中投放杀生剂和纯化剂等药物。
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