淘到了心仪的端砚，就不能觉得万事大吉了，如何正确的使用并保养它，也是一门不得不学的课程。
使用和保养端砚，不仅要保护砚台本身不受损，更重要的是，要保持端石的石质不变和持久发墨。
如何保持端砚石质细腻、幼嫩、滋润，首先，要根据端石与水的密切关系，特别是老坑，洞内终年积水，因此古人提出“以水养砚”，即以清水注于砚池(砚堂不要注水，保持净洁“磨墨处不可贮水，久浸则不发墨”)。
另外，端砚切忌常置于日光照射的地方，或者暴露在干燥的空间，这样会使砚石逐渐失去滋润，研磨出来的墨汁亦相对减弱甚至失去原有的优点。
其次，端砚是实用与欣赏相结合的传统工艺品，它的实用价值，就在于它是研墨之器具，如果砚堂中经常沾满墨迹，或者残留着用剩的宿墨，就会影响端砚的实用效果，久而久之，还会使端砚的石质受到影响。
因此，为了保护石质，就要保持砚(尤其是砚堂、砚池)的洁净。
此外，新启用的端砚，如偶遇不大发墨，或发墨不好，可用杉木烧成木炭粉末沾水，以毛刷磨砚堂数遍，然后用清水洗涤干净，即可发墨。
至于研墨，一般有两种方法，一是自左而右打圈研磨；二是“拉锯式”的研磨，即将墨条在砚堂中来回推动(日本人不少使用这种方法)。
这两种研墨方法各有优点，可根据各人的方便和习惯使用。
但要注意：研墨时墨身应该垂直，重按轻转，先慢后逐渐加快，不能急于求成。
研墨一定要用清 水，切忌用开水。
也不可用茶或污水。
做到以上几点，不能保证端砚一定被保养的很好，但至少不会损坏的很快。