微波杀菌设备与传统的设备相比，加热均匀、操作简单。
微波特性使物料能在极短的时间内升高温度，由于没有热传导，因而热损耗几乎为零，环保节能；微波的穿透性极强，使物料内外同时升温，没有热度差，因而物料加热均匀，极大的保持了物料的原有特点。
同时，由于微波电场的热效应与生物效应的双重作用，物料中的细菌正常的生长发育等受到抑制而死亡，微波属于低温杀菌、杀虫卵、防霉处理。
保持其营养成份，一般杀菌温度在75~80℃，处理时间3~5分钟。
保持原有的色、香、味、形等。
微波热效率高，一般在80%以上，远远优于其它加热方式。
达到消灭细菌的目的。