南京市第一中学溯源于光绪三十三年（1907年）创设的崇文学堂，校址为清代江宁府署箭道、西花园旧址。
不久思益学校（1903年创办）并入，其后学校三易校名。
1927年，李清悚先生创办首都中区实验学校，实践陶行知教育思想。
1933年，学校改称南京市立第一中学。
1937年抗战爆发，部分师生西迁，与苏浙皖入蜀师生联合成立国立二中。
1945年，学校于原址复校，推行“真教育”。
新中国成立后首任校长朱刚倡导“为祖国而教，为祖国而学”。
1953年，学校被确定为14所江苏省重点中学之一。
1998年，学校深化素质教育，推行“中学导师制”。
2000年，学校被评为国家级示范高中、江苏省模范学校。
2004年，被评为首批江苏省四星级高中。
2017年，学校获评首届全国文明校园。
2010年，学校明确了“培养人格健全、具有创新素养的现代公民”的育人目标，积极探索创新人才的培养模式，开启国际化进程，续写新的百年华章。
至2019年4月，学校有高中教学班39个，在校学生约1900人。
在编教职工共213人，其中专任教师194人；正高级教师6人，副高级教师87人；特级教师7人，市学科带头人27人，市优秀青年教师39人；有博士研究生学位者3人，硕士研究生学位者45人。
2019届高考南京一中再创佳绩，本一达线人数、本一达线率及400分以上的高分段人数均已创历史新高。
本届高三，参加高考527人，本一本二硬指标均超额完成，本一达线率从历次模考层层推进，直至高考，破90%大关。
崇文班共517人次通过高校自主招生、综合评价初审，获得国内985、211、双一流等重点大学认可。
其中高三4班袁瑞同学被北京大学中国语言文学系提前录取，高三3班粟昊同学以全国第一的成绩被中科大提前录取，参加中科大创新班考试的同学高考100%达一本线。
学校本部位于中山南路301号，现有南京一中初中部、南京实验学校、南京求真中学、南京晓庄学院附属中学、南京一中明发滨江分校、南京一中马群分校、南京一中高淳分校、南京一中江北分校等联盟学校。
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