三防自动化系统采用先进的现场总线技术，通过对防护设备、通风空调设备、给排水设备、发电及供配电系统设备等监测和控制，提高工程的运行管理水平，降低工程平时的运行维护经费，提高战时保障能力、防护能力和生存能力。
　　三防自动化系统(又称三防自控)主要包括以下内容：　　防护设备监控、通风空调设备及环境监控、给排水设备监控、发电及供配电系统监控等。
　　三防自动化系统一般分为两层：监控层和现场层。
由防化值班室的设备监控主机和分布于现场的自控箱组成。
智能监控模块安装于自控箱内，就地实现设备的状态检测和控制，并通过总线网络通信线连接到自动控制室的监控主机，实现整个工程中内部设备和环境的集中控制和管理。
监控层主要包括监控主机和电站区域控制器。
　　三防自动化系统包括三防自动转换控制子系统、通风空调系统监控子系统、给排水监控子系统、发电与配电监控子系统等。
　　(1)三防自动转换控制　　1)三防联动控制系统根据防化探测与报警系统的报警信号，或者防化值班室(或控制室)的三防报警按钮状态，当工程受到核、化、生袭击或在手动按下报警按钮后，根据"清洁式、滤毒式和隔绝式"三种通风方式的要求和预先设定的控制逻辑，远程控制相应的设备运行与停止，实现三种通风方式的自动转换。
　　2)三防报警信息显示在各口部最内侧密闭门内、电站机房、电站控制室、配电室、指挥大厅、进排风机房等位置设置三防状态指示与报警装置，显示当前三防通风方式以及其他重要信息，使得相关人员及时了解当前工程所处的通风方式。
当通风方式改变时，进行相应的报警提示。
　　3)电控防护门、电控防护密闭门及电控密闭门的控制当隔绝通风方式下关闭口部的电动门，并对电控门上锁，禁止任何人员出入;转入滤毒通风方式后，电控门解除锁定状态，系统保证任何时候只能开启一道电控门;清洁通风方式下，执行正常逻辑，即开门申请按钮按下后开启电控门，关门申请按钮按下后关闭。
　　(2)通风空调系统监控　　1)进排风机的监控监测各个口部、电站、化验室等房间的进风机、排风机的运行状态，根据"清洁式、滤毒式和隔绝式"三种通风方式的要求，远程控制相应风机的运行与停止，实现三种通风方式的自动转换。
　　2)风管上各电动阀门的监控监测通风系统各电动密闭阀门的当前状态，根据通风专业和防化专业的要求自动控制各电动阀门的启动和停止;通过切换电动阀门，自动实现三防通风切换。
中控室可以远程手动控制各电动阀门的开、关。
　　3)工程内外空气压差的监测与显示监测工程的内外压差，通过切换相应的通风设备，在相关的防毒通道内实现工程的战技术要求所规定的超压值及超压排风;在中央控制室显示超压参数、相关防毒通道的超压排风状态，当超压失败时进行声音报警，并联动停止排风机和相关阀门。
　　4)空调机组远程监控基于空调室的空调机组本身自带控制器，通过网络通信电缆和智能协议转换器，将除湿机连接到监控系统，实现如下监控功能：除湿机组启停的远程控制;除湿机组的附属设备(如送风机、冷却水泵)的单独控制;除湿机组的温度和湿度的远程设定;除湿机组进风和回风温湿度参数的显示;除湿机组及其附属设备运行状态监视;除湿机组故障显示及记录;除湿机组启停次数及运行时间累计记录。
　　(3)给排水系统监控　　1)水位及油位监测系统连续监测空调水库、电站水库、生活水库、消防水库等水库水位，当水位达到超低水位或高于上限设定水位时进行报警。
在中央控制室可以具体了解水库的存水量，为紧急状态下的用水分配提供科学的依据。
系统实时监测电站的油库油位，利用油库液位差自动向各柴油发电机组供油，当油位低于下限时，进行声音报警，并记录该事件，以保障发电机组正常用油要求。
　　2)污水泵监控系统实时监控工程中污水泵的运行状态;当通风方式转换到隔绝方式时，系统强制停止所有污水泵的运行，保证工程内部的超压。
　　3)深井泵监控可实时对深井泵进行监控，当工程内部水库水位低于设定值时，开启水库进水阀门，启动深井泵;当所有水库水位达到停泵水位设定值时，关闭水泵。
4)洗消水泵监控对工程内的洗消水泵进行实时监控，保证生活供水管网的压力恒定。
5)电动水阀和防爆波阀门监控对进出工程的所有水管和油管管路上的电动阀门实施监控，并在滤毒和隔绝通风时关闭阀门。
　　(4)发供电系统监控　　1)发电机组的远程监视监测发电机组的所有相关参数。
主要监测的参数有：油压、冷却水温度、油温、柴油机转速;发电机出口的电压、电流、频率、有功功率、无功功率、功率因数;发电机运行时间、启动次数等;各种报警信息，如油压低，冷却水温度高，油温高，启动失败，复位失败等。
　　2)低压配电柜监测对配电室的主要断路器开关的状态进行监测，让工程运行人员在中央控制室及时掌握供电系统中各个开关柜的运行状态。
　　3)主要供配电回路电气参数监测对配电室的进线、出线、联络等主要供配电回路进行电压、电流、有功功率、无功功率、电度、功率因数等电气参数实时监测。
该功能实现的前提是这些供配电回路具有电气测量的智能仪表且仪表提供开放的协议接口。
　　4)变压器温控器监测在工程配电室的变压器温控器进行监测，实时查看变压器各相铁芯的温度、超温和超高温报警状态，出现报警时自动弹出报警窗口，提示值班人员迅速处理。